1893年德國醫(yī)生埃里?！毬。―r. Erics Paulum）來到上海，在德國總領(lǐng)事館附近開一診所。后來，他與在上海的幾名德國醫(yī)生成立了“德醫(yī)公會”。八國聯(lián)軍侵華時，德國運(yùn)來大批醫(yī)療設(shè)備，聘請當(dāng)時在上海負(fù)有盛名的寶隆醫(yī)師，協(xié)助在滬成立了傷兵醫(yī)院。德軍歸國時，為感謝寶隆，將傷兵醫(yī)院的醫(yī)療設(shè)備悉數(shù)贈送給寶隆。

1900年，寶隆在德國駐滬總領(lǐng)事克納佩（Wilhelm Knappe）的支持下，在張家浜新馬路旁開辦了有20張床位的醫(yī)院。由中德雙方出資，取名“同濟(jì)醫(yī)院”，寶隆任院長。1904年初，克納佩在柏林與德國外交部、普魯士文化部的代表以及柏林大學(xué)東方語言部主任進(jìn)行了會談。在談到在中國推行德國教育政策時，克納佩提出了在上海開辦德國醫(yī)科學(xué)校的計(jì)劃。

1905年，德國外交部、普魯士文化部就在上海開辦德國醫(yī)科學(xué)校一事達(dá)成共識。普魯士文化部教育司司長阿爾特霍夫（Althoff）建立了“促進(jìn)德國與外國精神文化關(guān)系科佩爾（Koppel）基金會”。該基金會直接受文化部監(jiān)督，它的董事會主席是商務(wù)顧問科佩爾?？婆鍫柣饡粌H負(fù)責(zé)籌集錢款，而且對外以學(xué)校創(chuàng)辦者的面目出現(xiàn)。

1907年3月，科佩爾基金會、促進(jìn)在華德國文化工作委員會、上海德醫(yī)公會和同濟(jì)醫(yī)院4方，在柏林簽署了由普魯士文化部起草的關(guān)于在上海建立德國醫(yī)科學(xué)校的協(xié)定；1907年6月3日，“德文醫(yī)學(xué)堂”董事會正式成立，董事會由18人組成。

1907年10月1日，醫(yī)學(xué)堂舉行了開學(xué)典禮，取名為“德文醫(yī)學(xué)堂”。

1908年，“德文醫(yī)學(xué)堂”改名為“同濟(jì)德文醫(yī)學(xué)堂”。“同濟(jì)”當(dāng)時寓意德國人與中國人同舟共濟(jì)，“同濟(jì)”二字從德語“Deutsch(德意志）”在上海話的諧音而來，意蘊(yùn)合作共濟(jì)。

1909年，寶隆博士因病于3月5日在上海逝世。上海德醫(yī)公會元老福沙伯博士接任同濟(jì)德文醫(yī)學(xué)堂總監(jiān)督兼總理。校董們?yōu)閷W(xué)校取名“同濟(jì)”，意蘊(yùn)和衷共濟(jì)，希望用現(xiàn)代醫(yī)學(xué)造福人類。

1912年，同濟(jì)德文醫(yī)學(xué)堂增設(shè)工科，更名為“同濟(jì)醫(yī)工學(xué)堂”，設(shè)醫(yī)、工和德文三科。由校董事會籌措辦學(xué)經(jīng)費(fèi)，由福沙伯全面領(lǐng)導(dǎo)學(xué)堂。當(dāng)年，醫(yī)正科三級學(xué)生張近樞、何理中、江逢治3人，按照德國大學(xué)醫(yī)科考試規(guī)則參加學(xué)堂的次畢業(yè)考試，均順利通過，如期畢業(yè)。他們是同濟(jì)歷史上的屆畢業(yè)生。 

1917年次大戰(zhàn)進(jìn)入尾聲，1917年2月美國宣布與德國斷交 ，不久對德宣戰(zhàn)。上海法租界以同濟(jì)醫(yī)工學(xué)堂是德國的產(chǎn)業(yè)，為防止德國人利用該校機(jī)械制造武器為由，當(dāng)眾宣布解散學(xué)校，并限令師生當(dāng)日離校。為此，社會各界聯(lián)名致電教育部，請?jiān)O(shè)法對同濟(jì)學(xué)生作善后安排。教育部馬上派人商議，把學(xué)校遷到吳淞鎮(zhèn)，繼續(xù)開學(xué)上課。1917年4月23日，教育部下令學(xué)堂改屬華人私立學(xué)校，由華人董事會辦學(xué)，直屬教育部領(lǐng)導(dǎo)。同年12月，更名為私立同濟(jì)醫(yī)工專門學(xué)校。

1922年學(xué)校正式遷往吳淞鎮(zhèn)。根據(jù)《寶山縣志》記載：1917年同濟(jì)德文醫(yī)學(xué)堂由華董接管，遷入?yún)卿林袊珜W(xué)。1918年，在教育部次長袁希濤主持下，由教育部撥款，在吳淞購地150畝籌建校舍。1921年竣工后陸續(xù)遷入新校舍。 

1924年05月20日，教育部批準(zhǔn)同濟(jì)醫(yī)科為大學(xué)。因此，每年的5月20日定為校慶日。 

國立時期

1927年8月，學(xué)校由南京國民政府教育部正式接管，命名為國立同濟(jì)大學(xué)，原醫(yī)、工兩科分別更名為醫(yī)學(xué)院、工學(xué)院。

1927年9月，同濟(jì)大學(xué)開女禁，首招兩名女生。

1932年1月28日，集結(jié)于上海的日軍進(jìn)攻上海，爆發(fā)了“一·二八”事變。在“一·二八”事變中，日軍飛機(jī)狂轟濫炸，吳淞地區(qū)許多工廠、學(xué)校毀于一旦。同濟(jì)大學(xué)主要建筑如大禮堂、電氣試驗(yàn)室、材料試驗(yàn)室、部分宿舍及實(shí)習(xí)工廠等被炸毀，圖書、機(jī)器、標(biāo)本、模型等設(shè)備損失更為嚴(yán)重。寒假過后，新學(xué)期無法上課。在此情況下，胡庶華校長想方設(shè)法使全校師生暫遷市區(qū)巨籟路（今巨鹿路）民生坊繼續(xù)上課。同時，師生們參加搶救軍民傷員，以支援十九路軍與敵作戰(zhàn)；吳淞校舍在朱家驊的幫助下，很快得以修復(fù)。

1932年8月25日，學(xué)校遷回吳淞。

1933年5月，國民黨政治會議議決，將處于江灣的國立勞動大學(xué)（1932年停辦）的房屋、機(jī)器、工廠等劃歸同濟(jì)大學(xué)，創(chuàng)辦同濟(jì)大學(xué)附設(shè)高級職業(yè)學(xué)校，后奉教育部令，改稱“同濟(jì)大學(xué)附設(shè)高級工業(yè)職業(yè)學(xué)?！?。 

1937年又先后增設(shè)了文、理等學(xué)院，從而成為了一所多學(xué)科的綜合大學(xué)。當(dāng)時的南京國民政府效仿美國的大學(xué)制度，以在每個省設(shè)立一所綜合國立大學(xué)為目標(biāo)。國立同濟(jì)大學(xué)是民國建設(shè)國立大學(xué)期間早建立的七所國立大學(xué)之一（1927年），也是中國近現(xiàn)代歷史上早的一批綜合性大學(xué)（含醫(yī)學(xué)院）。抗戰(zhàn)爆發(fā)，美麗的同濟(jì)校園在侵略者的轟炸中僅剩斷壁殘?jiān)?/p>

為求“一張平靜的書桌”，學(xué)校于1937年開始內(nèi)遷辦學(xué)。經(jīng)過三年流離、六次搬遷，先后輾轉(zhuǎn)浙、贛、桂、滇等地，直至1940年落腳四川宜賓的李莊古鎮(zhèn)。師生們教學(xué)不輟，堅(jiān)持文化抗戰(zhàn)。 

1946年回遷上海以后，同濟(jì)大學(xué)發(fā)展成為以理、工、醫(yī)、文、法五大學(xué)院著稱的海內(nèi)外著名綜合性大學(xué)。

院系調(diào)整

從1949年開始，為配合新中國教育資源統(tǒng)籌布局，同濟(jì)大學(xué)歷經(jīng)多次院系調(diào)整。

1949年09月，文學(xué)院和法學(xué)院并入復(fù)旦大學(xué)，后來又隨復(fù)旦大學(xué)支援了華東政法大學(xué)、上海財(cái)經(jīng)大學(xué)等學(xué)校的建設(shè)。

1950年，為了支援湘鄂粵桂豫贛六省（中南區(qū)）醫(yī)療衛(wèi)生事業(yè)，全部醫(yī)學(xué)院和附屬同濟(jì)醫(yī)院遷往湖北武漢，與武漢大學(xué)醫(yī)學(xué)院合并后改名中南同濟(jì)醫(yī)學(xué)院和武漢同濟(jì)醫(yī)院（現(xiàn)為華中科技大學(xué)同濟(jì)醫(yī)學(xué)院）。

1951年, 理學(xué)院生物系并入華東師范大學(xué)，數(shù)學(xué)化學(xué)物理等系除了保留基本的工科教學(xué)以外，全部并給復(fù)旦大學(xué)、華東化工學(xué)院（現(xiàn)華東理工大學(xué)）等學(xué)校。

1952年，交通大學(xué)、復(fù)旦大學(xué)、圣約翰大學(xué)等高校的土建系、科、組并入同濟(jì)大學(xué)。

1954年，恢復(fù)研究生教育。

1956年，工學(xué)院測量系遷往湖北武漢，參與建設(shè)武漢測繪科技大學(xué)，后并入武漢大學(xué)。1952年工學(xué)院的機(jī)械系、電機(jī)系和造船系等并入交通大學(xué)，還支援了南京工學(xué)院（現(xiàn)東南大學(xué)）等學(xué)校，后來一部分隨交通大學(xué)西遷建設(shè)西安交通大學(xué)。1952年水利系與其他高校的水利專業(yè)在南京參與組建了華東水利學(xué)院，即河海大學(xué)。

1960年06月，被列為建工部重點(diǎn)高校。

1960年10月，被列為高教部重點(diǎn)工科院校。

1966年，劃歸高教部領(lǐng)導(dǎo)。